L’Unca est organisée en quatre départements :

• Secrétariat
  • Administration
  • Sites internet, Base de données
  • Réunions, Relations institutionnelles
  • Support logistique et intendance générale
• Comptabilité, social
  • Gestion financière
  • Suivi budgétaire
  • Ressources humaines
  • Suivi des biens
• Assistance
  • Hot line
  • Recette des logiciels
  • Formation
• Département informatique
  • Analyse et programmation
  • Interventions
  • Maîtrise d’ouvrage
  • Infrastructure
  • Maintien en conditions opérationnelles des lignes de logiciels